由于多層線路板中層數眾多，用戶對PCB層的校準要求越來越高。通常，層之間的對準公差控制在75微米。考慮到多層線路板單元尺寸大、圖形轉換車間環境溫濕度大、不同芯板不一致性造成的位錯重疊、層間定位方式等，使得多層線路板的對中控制更加困難。

　　內部電路制作的難點

　　多層線路板采用高TG、高速、高頻、厚銅、薄介質層等特殊材料，對內部電路制作和圖形尺寸控制提出了很高的要求。例如，阻抗信號傳輸的完整性增加了內部電路制造的難度。

　　寬度和線間距小，開路和短路增加，短路增加，合格率低;細線信號層多，內層AOI泄漏檢測概率增加;內芯板薄，易起皺，曝光不良，蝕刻機時易卷曲;高層plate多為系統板，單位尺寸較大，且產品報廢成本較高。

　　壓縮制造中的難點

　　許多內芯板和半固化板是疊加的，在沖壓生產中容易出現滑板、分層、樹脂空隙和氣泡殘留等缺陷。在層合結構的設計中，應充分考慮材料的耐熱性、耐壓性、含膠量和介電厚度，制定合理的多層線路板材料壓制方案。

　　由于層數多，膨脹收縮控制和尺寸系數補償不能保持一致性，薄層間絕緣層容易導致層間可靠性試驗失敗。

　　鉆孔制作難點

　　采用高TG、高速、高頻、厚銅類特殊板材，增加了鉆孔粗糙度、鉆孔毛刺和去鉆污的難度。層數多，累計總銅厚和板厚，鉆孔易斷刀;密集BGA多，窄孔壁間距導致的CAF失效問題;因板厚容易導致斜鉆問題。